Stereo mikroskoper er forgrenet ud af andre lysmikroskoper til anvendelse af visning "3D" objekter. Disse omfatter betydelige prøver, såsom insekter, fjer, blade, sten, sandkorn, perler, mønter og frimærker osv. Funktionelt er et stereomikroskop som et kraftigt forstørrelsesglas. I modsætning til et sammensat mikroskop, der tilbyder et fladt billede, stereomikroskoper giver betragteren et 3-dimensionelt billede, som du kan se teksturen af en større prøve.