Stereo mikroskoper er forgrenet fra andre lysmikroskoper til anvendelse af visning af "3D" objekter. Disse omfatter betydelige prøver, såsom insekter, fjer, blade, sten, sandkorn, ædelstene, mønter og frimærker osv. Funktionelt er et stereo mikroskop som et kraftigt forstørrelsesglas. I modsætning til et sammensat mikroskop, der giver et fladt billede, giver stereo mikroskoper seeren et 3-dimensionelt billede, så du kan se teksturen af en større prøve.